许多人相信圣经里藏有密码——人类几千年来曾发生的事件和未来将要发生的事。也有人因此相信圣经当然是出自上帝之手。并认为圣经可能是“外星遗物”，设计成唯有地球文明达到一定的进化门坎时，才会自行示现的形式。 圣经密码的支持者认为，虽然任何一本书都可以找到随机字母组合，但要找到像“萨达姆”和“飞毛腿”及开战日期等相关讯息，除了圣经外，包括《战争与和平》在内的各类十万甚至百万字母的书籍，和千百万种电脑制造的实验个案，都没有找到如此连贯的讯息。 反对者则认为，希伯来文圣经自古以来均出现许多版本，几千年来的抄写必定会有不同的字句，解码所研究的圣经原文已经跟古抄本有一定的差别，包括句点和字距等都不一样。而且所解码的希伯来文圣经，只有辅音字母（consonant），没有元音字母（vowel）。因此它完全不值得相信。另外，这种解码方式，实际上在传统的犹太神秘哲学Cabala里关于如何用数学运算法解释希伯来文圣经时已经提出。整本圣经希伯来文有30多万个字母，起码可以发生100亿种字母组合，所谓的密码只是一种断章取义。 还有一些人的质疑来自一些没能应验的预言，比如Michael Drosnin根据密码找到圣经关于1995年9月至1996年9月会发生“核武浩劫”并没有发生。据说他再用计算机程序找到结果出现Delay（延迟）的单词。 1999年，数学家Brendan McKay、Dror Bar-Natan和Gil Kalai及心理学家Maya Bar-Hillel，在Statistical Science上发表了一篇论文，声明他们提供了足够的证据来驳斥Witztum和Rips的论文。他们的主要观点是： Witztum和 Rips采用的数据是希伯来文的拉宾名字。希伯来文对于名字的拼写是很灵活的，每一个名字可以有很多写法。因此在搜索名字的时候要更加注意。所以他们的结果是不严格的。论文中说：“……他们的数据没有按照他们他们实验时的规则严格定义。相反，对于这个规则，他们应用时，有很多‘摆动’。特别是对于拉宾的名字。” 对于他们的数据采集，有间接的证据表明是不正确的。也就是说名字的选择和拼写是不中立的，尤其向他们的假设偏向。 对于再现Witztum和Rips论文陈述结果的尝试失败了。论文中说：“原来论文的作者不能提供他们最初的源程序。而且现在原作者发布的源程序（两个），还有我们自己的程序，都不得到原来论文的结果。” 对此，还有进一步的争论。尽管还有少数科学家在继续这个工作，但是现在绝大部分科学家对此持否定的态度。 另外，现在一些华人在购买这个程序之后，将一些姓名、事件等中文的汉语拼音以英文单词方式输入查询，并得到了所谓的结果。这显然是一种牵强附会、毫无意义的做法。
