故事发生在德川幕府诞生数十年后，三代将军的时代。
主人公是身背巨大的“大帝之剑”的武士万源九郎。传说世上有三件由太空金属制成的神器，得到它们就能拥有征服世界的力量。大帝之剑，就是三神器之一。万源九郎的祖父的遗言是“要将三神器送往原来的归属之处”，为了寻找剩下的“斗神的独钴杵”、“犹大的十字架”而踏上旅程。
在旅途中，源九郎邂逅了丰臣家后裔——美丽的公主舞。源九郎打败德川家的追兵，救了公主，接着便与舞及其守护者真田忍者佐助结伴同行。突然，舞变得言行诡异，与以前判若两人。原来宇宙人蓝为了获得舞体内的宇宙金属，附到了她的身上。另外，又一个宇宙金属的追寻者——神秘美剑士牡丹也在监视着源九郎他们。
德川家派出的妖怪忍者军团想要歼灭丰臣后裔、夺走神器，不断袭击源九郎一行人。还有追踪蓝从宇宙边缘来到地球的外星人也先后附身在熊男、猎人权三以及破颜坊身上，连连制造麻烦。源九郎从来就没有害怕过挑战，他挥舞着巨剑迎击一个又一个的敌人……
